Верховный Суд РФ своим Определением от 18.03.2026 № 309-ЭС25-9697 по делу № А07-18520/2024 признал законным назначение повторной выездной налоговой проверки вышестоящим налоговым органом даже в ситуации, когда именно Управление фактически руководило и координировало первичную проверку.
В отношении ООО «Нефтегазстрой» Межрайонной ИФНС проведена первичная выездная проверка за период 2021 года; по её итогам решением от 29.12.2022 обществу доначислено 34,7 млн руб., соответствующие пени и санкции. Решение о доначислении оспорено не было.
В 2024 году Управления ФНС России по региону назначило проведение повторной выездной налоговой проверки за тот же период — 2021 год; в результате обществу предъявлены доначисления в сумме 477,7 млн руб., более чем в 13 раз превышающие итоги первичной проверки.
Суды трёх инстанций признали решение о назначении повторной проверки незаконным, основываясь на следующих обстоятельствах:
- В материалах дела отсутствовали доказательства того, что целью повторной проверки являлось осуществление контроля за нижестоящей инспекцией;
- Более 50% проверяющих являлись должностными лицами УФНС: мероприятия по получению документов, информации, показаний и доказательств инициированы и (или) проведены непосредственно управлением либо по его поручению;
- Управление руководило проведением первичной проверки, тогда как инспекция, ведущая проверку, выполняла лишь технические функции;
- Требования о представлении документов в рамках повторной проверки являлись идентичными тем, которые направлялись при первичной;
- Управлением не была проведена аналитическая и контрольная работа по установлению фактов неэффективности первичной проверки.
Кассационный суд квалифицировал повторную проверку как «исключительную меру дополнительного воздействия», применяемую лишь тогда, когда первичная проверка не проведена должным образом и повторная является единственным способом восстановления правопорядка (Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 24.06.2025 по делу N А07-18520/2024).
Однако Верховный суд отменил все три судебных акта, отказал ООО «Нефтегазстрой» в удовлетворении заявленных требований и указал, что
«ни из НК РФ, ни из практики высших судебных органов не следует, что подобная организация первичной выездной налоговой проверки сама по себе препятствует последующему проведению повторной выездной налоговой проверки и нарушает права проверяемого налогоплательщика».
Верховный суд констатировал, что критерии, установленные в ст. 89 НК РФ, управлением соблюдены, а участие управления в первичной проверке не установлено НК РФ в качестве препятствия для последующего осуществления им же проверки повторно.
Специалисты практики разрешения налоговых споров «Мариллион» имеют богатый опыт и готовы при необходимости помочь в оценке правомерности назначения любых контрольных мероприятий в отношении организации — предпроверочных мероприятий, камеральных и выездных налоговых проверок, включая повторные, в их сопровождении и в оспаривании их результатов.
